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Mención especial en este apartado merece la roya del cafeto, que ingresó al país en 1981 y que es producida por el hongo hemileia vastratix, que ataca a todas las plantas de un cultivar. Los ataques se producen en épocas de lluvias ligeras y corto periodo de buen tiempo. La espora de este hongo es muy resistente y puede transportarse por corrientes de aire o adherida a cualquier objeto, teniendo una germinación, en condiciones ideales, de sólo tres horas [11].

Por su parte, la broca del grano es un diminuto escarabajo negro que penetra la cereza del cafeto y se aloja dentro de la semilla, dejándola inservible y con un aspecto negruzco. Esta plaga entró a Chiapas en 1979, y al igual que la roya, proviene de Centroamérica. Estas enfermedades constituyen los problemas fitosanitarios más importantes de la cafeticultura nacional y mundial.